بازسازی و آنالیز توپولوژی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیرگاو
Authors
Abstract:
مدلسازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان‌پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه دادههای NCBI ، Uniprot ، KEGG و Brenda مورد استفاده قرار گرفتهاند. شبکه حاصل، شامل 3605 واکنش بوده که توسط 646 آنزیم کاتالیز شده و از پایگاه داده KEGG تهیه گردیدهاند. براساس تئوری گراف، تمامی ویژگیهای ساختاری شبکه متابولیتی جهت دار و بدون جهت مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. میانگین طول مشخصه مسیر برابر با مقادیر 51/5 و53/5 به ترتیب برای شبکه متابولیتی جهت دار و بدون جهت بهدست آمد. 23 متابولیت هاب تعیین گردید. زیرا هرگونه تغییر در این متابولیتها ممکن است موجب کاهش تولید شیر بوده و یا برای سلامتی دام مضر باشد. بنابراین هدف از ساخت شبکه متابولیت محور، مقایسه تطابق ویژگیهای این شبکه با سایر شبکه‌های بیولوژیکی و تعیین متابولیتهای کلیدی در تولید شیر می باشد. تحقیق حاضر، می تواند اطلاعات مفیدی برای بهبود و درک بهتر فرآیند تولید شیر در گاو از دیدگاه متابولیکی ارائه دهد و منجر به ارائه پیشنهاداتی در جهت ایجاد ویا بهبود استراتژیهای اصلاح نژادی گردد
similar resources
بازسازی و آنالیز شبکه متابولیکی مبتنی بر ژنوم باکتری استرپتوکوکوس بویس B315 دخیل در تولید اسید لاکتیک در محیط شکمبه
استرپتوکوکوس بویس یکی از باکتری های مصرف کننده نشاسته و تولیدکننده اسید لاکتیک در شکمبه است. با توجه به نقش استرپتوکوکوس بویس در تولید اسید لاکتیک، اطلاعات زیستی وسیعی از این گونه منتشر شده است. اما تا به حال، خصوصیات و توانمندی های متابولیکی این باکتری در سطح یک سیستم تجزیه و تحلیل نشده است. در پژوهش حاضر، مدل متابولیکی مبتنی بر ژنوم باکتری استرپتوکوکوس بویس (iStr472) برای اولین بار بر اساس اط...
full textآنالیز شبکه های متابولیکی دخیل در تولید شیر در گاو
مدل سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی بافت غده پستانی گاو، می تواند منجر به دیدگاه سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان پذیر است. در این پژوهش، اطلاعات مورد نیاز، از پایگاه های داده ncbi ، uniprot، kegg و brenda جمع آوری و مورد استفاده قرار گرفتند. . نتایج آنالیزهای انجام شده در این تحقیق می تواند برا...
بازسازی، تجزیه و تحلیل توپولوژیکی شبکه متابولیکی بافت شکمبه گاو
شکمبه نقش محوری در بازده تولید در نشخوارکنندگان دارد. درک فرآیند متابولیسم بافت شکمبه می‌تواند منجر به بهبود بازده تولید و در نتیجه سود اقتصادی در نشخوارکنندگان شود. در پژوهش حاضر، شبکه متابولیکی بافت شکمبه گاو با استفاده از اطلاعات ژنومی و اطلاعات موجود در پایگاه‌های داده مختلف، بازسازی شد. نتایج حاصل از بازسازی شبکه شامل 410 آنزیم، 1429 متابولیت به عنوان گره و 1777 واکنش به عنوان یال بود. ویژ...
full textبکارگیری شبکه دینامیکی و تغییر توپولوژی شبکه در تحلیل جریان سرد در موتورهای احتراق داخلی
در این مقاله جریان مغشوش در سیکل موتورینگ (بدون احتراق) موتور احتراق داخلی شامل مکش، تراکم، انبساط و تخلیه به روش عددی با استفاده از نرم افزار منبع باز OpenFOAM تحلیل شده است. یک هندسه دو بعدی بکار گرفته شده است و مرز های متحرک در سوپاپها و پیستون به کمک یک شبکه دینامیکی مدلسازی شده است. سه روش تغییر توپولوژی یعنی افزودن/ حذف لایه های سلولی، شبکه های با مرز لغزنده و بالاخره اتصال و قطع متناوب م...
full textMy Resources
Journal title
volume 29 issue 110
pages 167- 180
publication date 2016-05-21
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023